Патриарх Московский и Всея Руси Кирилл и Патриарх Иерусалимский Феофил III начали визит в город на Неве с посещения комплекса Святейшего Синода 27 мая 2013 года, в день празднования 310-летия Санкт-Петербурга. В храме Святых Отцов Семи Вселенских Соборов патриархи приняли участие в молебне.

«Хотел бы приветствовать вас в храме Святейшего Синода. Президент России Владимир Владимирович Путин выступил с инициативой воссоздания этого исторического комплекса. Была проведена тщательная научная реставрация, открыты росписи, восстановлены интерьеры. Мы здесь находимся с особым душевным волнением», – сказал святейший Патриарх Кирилл, обращаясь к Патриарху Иерусалимскому Феофилу III, духовенству его делегации, иерархам Русской Православной Церкви, всем участникам молебна.

В историческом комплексе Святейшего Синода размещается Президентская библиотека, которая 27 мая отметила четырехлетие начала работы. Ее генеральный директор Александр Вершинин поприветствовал патриархов Кирилла и Феофила и по окончании молебна провел с ними краткую экскурсию по первой национальной электронной библиотеке России.

В основе фондов библиотеки, которые составляют более 250 тысяч единиц хранения, – раритетные документы и материалы по истории российской государственности, неразрывно связанной с историей Русской Православной Церкви. Коллекция с одноименным названием одной из первой появилась в Президентской библиотеке.

Документы, связанные с историей церкви, постоянно пополняют фонды библиотеки, входя в состав различных тематических коллекций. Преимущественно это материалы, рассказывающие о зарождении и становлении Русской Православной Церкви: фундаментальные труды, жизнеописания святителей, документальные книги о православных монастырях и храмах, развитии церковно-государственных отношений. На портале Президентской библиотеки в  открытом доступе находятся такие раритеты, как Остромирово Евангелие, Лаврентьевская летопись, дореволюционные книги и документы по работе Святейшего Синода.

Взаимодействие Президентской библиотеки с Русской Православной Церковью является исторически обоснованным. Именно благодаря реконструкции и реставрации здания, в котором она находится, в Санкт-Петербурге стали проводить заседания Святейшего Синода в новейшей истории. Библиотека открылась 27 мая 2009 года, в ней были воссозданы по рисункам и чертежам Карла Росси покои и рабочий кабинет Патриарха, храм.  В этом тоже есть глубокий смысл – Синод в XVIII веке был задуман как орган власти, не только объединяющий высших иерархов, но и занимающийся просвещением.