Президент РФ Владимир Путин сменил специального представителя по Ближнему Востоку и странам Африки. Михаил Маргелов освобожден от должности спецпредставителя. Теперь его место займет заместитель министра иностранных дел Российской Федерации Михаил Богданов.

Владимир Путин подписал соответствующий указ, в котором говорится: "Возложить на заместителя Министра иностранных дел Российской Федерации Богданова Михаила Леонидовича обязанности специального представителя Президента Российской Федерации по Ближнему Востоку и странам Африки".

Михаил Маргелов вступил в должность специального представителя Президента Российской Федерации по сотрудничеству со странами Африки 20 марта 2011 года. 

В этом качестве Маргелов выдвигал стратегию возвращения России в Африку, ключевым элементом которой становится укрепление интересов российского бизнеса. В 2011 году он организовал и провел первый деловой форум Россия — Африка. После чего были поддержаны российские проекты в ЮАР, Намибии, Эфиопии, Нигере и др.

На посту спецпредставителя по Африке Маргелов также занимается консультациями по урегулированию многочисленных региональных конфликтов, проблемой Африканского рога, где первым из российских официальных лиц установил контакты с представителями непризнанных сомалийских территорий, не находящимися под контролем исламских фундаменталистов, а также провел международные консультации с представителями международных ВМС с целью безопасного прохода российских судов и грузов через Аденский залив.

Во время ливийского кризиса, в разгар боевых действий между сторонниками и противниками Каддафи, Маргелов совершил ряд поездок в Ливию, где провел встречи со всеми сторонами конфликта. Тогда же он сделал прогноз, что у Каддафи нет шансов удержать власть и поэтому следует начинать диалог с ливийской оппозицией. Благодаря своевременно начатому диалогу с оппозицией у российского бизнеса сохранились возможности для работы в Ливии после свержения Каддафи.

В марте 2014 года Глава международного комитета Совета Федерации Михаил Маргелов оказался в канадском «черном списке» среди официальных лиц России, попавших под санкции в связи с ситуацией на Украине.

27 октября 2014 года присутпил к исполнению обязанностей Вице-президента ОАО "АК „Транснефть“".