Ученые Центра геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского СПбГУ объявили о выпуске и публикации в журнале GigaScience интернет-платформы GWATCH, которая обещает повысить эффективность обнаружения и подтверждения геномных вариантов, отвечающих за устойчивость к хроническим заболеваниям человека. Доступ к геномному браузеру будет открытым — любой ученый сможет пользоваться его ресурсами.

Геномный браузер GWATCH является размещенным на сервере СПбГУ интернет-платформа для автоматического анализа данных с целью обнаружения генов, отвечающих за комплексные заболевания человека.

Аббревиатура GWATCH расшифровывается как Genome-Wide Association Tracks Chromosome Highway, что означает “хромосомная магистраль для полногеномного поиска ассоциаций”. В основе геномного браузера лежит динамический принцип работы, позволяющий непосредственным образом обнаруживать, просматривать и оценивать картину геномных ассоциаций на основе обширных массивов данных из GWAS и WGS. В браузере GWATCH используется графический трехмерный интерфейс, который моделирует взгляд “с высоты птичьего полета” и позволяет просматривать любую хромосому человека, выявляя участки генома, значимые с точки зрения ассоциаций с конкретными заболеваниями. Программа построена по принципу известных поисковых машин и облачных сервисов. Среда GWATCH может применяться при крупномасштабном анализе геномных ассоциаций для любого заболевания. В опубликованной сегодня статье приводится пример использования GWATCH для анализа данных более 6000 пациентов с риском развития ВИЧ/СПИДа.

Геномный браузер GWATCH моделирует динамическую виртуальную среду, где пользователь получает возможность двигаться по видеомагистрали вдоль человеческих хромосом, используя данные полногеномного поиска ассоциаций и полногеномного секвенирования для выявления ассоциаций геномных вариантов с комплексными заболеваниями. Браузер имеет простой, интуитивно понятный интерфейс, рассчитанный на широкую аудиторию: экспертов-генетиков, студентов и работающих в научной сфере журналистов. Средой могут также пользоваться сами пациенты для изучения собственного генома на предмет генетических ассоциаций с заболеваниями.

Геномный браузер GWATCH был разработан учеными из Центра геномной биоинформатики им. Ф.Г. Добржанского СПбГУ. Создание браузера частично финансировалось из средств программы мегагрантов Министерства образования и науки Российской Федерации. Ведущие ученые проекта — ведущий научный сотрудник Антон Свитин и профессор Стефан О'Брайен.